COVID-19 全基因組序列分析

此技術可以準確檢測病毒突變,並將疑似病例的基因分析時間從數小時縮短至 30 分鐘,從而大大縮短分析時間。

透過電子郵件提交申請:協助研究、分析和對抗 COVID-19(「計劃」)的自由計算和 AI 平台旨在支援全球疾控中心和基因組研究機構進行 COVID-19 的研究分析及預防。 此技術視確認後的可用性而定。 您可將您的研究項目摘要及說明提交至 wanqing.hwq@alibaba-inc.com。 我們將對所有提交內容進行技術可行性審查,並聯絡符合條件的申請人,以討論更多細節及後續步驟。 提交成功之後,申請人將獲得一定數額的優惠券(依項目而定),此優惠券有效期為 3 個月。 優惠券可用於所有阿里雲產品,包括 HPC、ECS 和 GPU,但不包括市場產品和第三方產品。
免責聲明:此技術本身無意在未經專業判斷及臨床評估的情況下診斷任何醫學病症或疾病,亦無意最終表示沒有任何疾病,包括 COVID-19,此技術不能替代經認證的專業醫務人員的診斷及治療。 此技術尚未經過全面測試,亦不會以任何方式保證其準確性、適用性、充足性、滿意度、可用性或以其他方式適用於任何目的。 在適用法律允許的最大範圍內,解決方案都以「原始狀態」提供,包含「所有錯誤」,且不提供任何擔保或服務保證。
注意:有關上述文字結果,請參閱快速準確的測試以了解說明。

概覽

2020 年 2 月 5 日,中國國家衛生委員會發布了新型冠狀病毒感染肺炎診斷與治療方案(第 5 版試行版及以後版本),其中強調了診斷病原體時推薦使用的醫學證據是呼吸道標本或血液標本的即時熒光 RT-PCR,其用於檢測新型冠狀病毒核酸;呼吸道標本或血液標本中的病毒基因測序與已知新型冠狀病毒高度同源。

全基因組序列分析技術是一種從樣本到報告的病毒基因組測序技術。 針對 COVID-19 的防控,它為各個地方疾控中心和海關機構提供了病毒篩选和分析能力。 它不僅提供病毒基因資料篩選,自動分析和報告,亦可用作具有實驗和測序能力的實驗室研究平台。

透過最佳化算法及模型,它可以在 14.5 小時內完成 20 份新型冠狀病毒樣本的高通量測試(具體取決於樣本數量和測序通量)。 它有助於解決當前測試方法面臨的關鍵問題,例如核酸檢測能力不足,PCR 方法存在假陰性率高,以及病毒在全球範圍內可能發生的突變等。

技術重點

  • 快速準確的測試,提高當地疫情防控能力

    基於全基因組測序方法,相關檢測被認為是準確和有效的,可防止對病毒突變無認知的情況。 此協議整合了與實驗庫,電腦測序和資料分析相關的先進技術,大大縮短了測序時間並提高實驗室處理通量。

  • 最佳化核心算法,全面監控 COVID-19 疫情的發展與變化

    此技術分析了 COVID-19 病毒基因的特徵;根據公開資料集中的資料最佳化算法訓練過程;設計分佈式和並行算法以加快分析過程;並開發了一種快速病毒整合方法。 此外,基於 AI 算法的進化分析和蛋白質結構分析設計有助於發現病毒的進化來源,進化時間和病毒的三維結構。 此解決方案亦為研發病毒疫苗及藥物提供了基礎。

  • 快速部署,輕鬆使用,模組化及簡化操作與設定

    此技術可無縫對接資料庫構建儀器,測序儀和電腦分析儀,從樣本到報告實現全過程自動化。 它可以快速部署並提供基於 Web 的操作介面,使前端人員只需按一下即可開始分析樣本,並直接查看最終報告。 除了全套系統,它還可以對接客戶現有的實驗及測序裝置。

從樣本到報告的基因組測序

此全基因組測序分析技術可產生三種主要結果。

同源性分析報告:透過序列分析和序列剪接分析病毒序列的同源性,最終產生自訂報告。
進化分析:進化樹構建,用於智慧分析病毒傳播或進化的時間圖,感染時間的智慧分析。
結構分析:對病毒蛋白質二級結構和三維結構進行預測。

快速準確的測試

此技術可將 20 份樣本同時進行實驗,從而將資料分析時間大大縮短至 0.5 小時,並且能夠在 43.5 分鐘內完成一份樣本測試。

注意:43.5 分鐘基於對 30-100GB 樣本進行測試並在 NextSeq 500 中計算得出。 每 20 份樣本同時測試的總實驗時間為 14.5 小時,其中實驗室建設耗時 3 小時;基因測序耗時 11 小時;採用此技術進行全基因組測序的資料分析耗時 0.5 小時。 完成一份樣本測試的時間為 43.5 分鐘,即 14.5 小時除以 20 份樣本。 此測試結果時間可能不同,具體取決於樣本數量和測序通量。

對公共研究機構免費開放

協助研究、分析和抗擊 COVID-19(「計劃」)的自由計算和 AI 平台旨在支援全球疾控中心和基因組研究機構進行 COVID-19 的研究分析及預防。 您可將您的研究項目摘要及說明提交至 wanqing.hwq@alibaba-inc.com。 我們將對所有提交內容進行技術可行性審查,並聯絡符合條件的申請人,以討論更多細節及後續步驟。 提交成功之後,申請人將獲得一定數額的優惠券(依項目而定),此優惠券有效期為 3 個月。 優惠券可用於所有阿里雲產品,包括 HPC、ECS 和 GPU,但不包括市場產品和第三方產品。

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