Análise de sequenciamento do genoma completo para COVID-19

Essa tecnologia detecta com precisão as mutações virais e reduz a duração da análise genética de casos suspeitos de horas para apenas 30 minutos, diminuindo significativamente o tempo de análise.

Envie sua solicitação por e-mail: Plataformas gratuitas de computação e IA para ajudar na pesquisa, análise e combate à COVID-19 ("Programa") destinam-se a apoiar centros de controle de doenças e instituições de pesquisa genômica em todo o mundo na pesquisa, análise e prevenção da COVID-19. Esta tecnologia está sujeita à disponibilidade após confirmação. Você pode enviar o resumo e a descrição do seu projeto de pesquisa para wanqing.hwq@alibaba-inc.com. Todas as solicitações serão avaliadas quanto à viabilidade técnica, e os candidatos elegíveis serão contatados para mais detalhes e próximas etapas do processo. Após a aprovação da solicitação, o candidato receberá um determinado valor em cupons de acordo com o projeto, válidos por 3 meses. Os cupons podem ser usados em todos os produtos da Alibaba Cloud, incluindo HPC, ECS e GPU, excluindo produtos do marketplace e produtos de terceiros.
Aviso legal: A tecnologia não se destina a diagnosticar, por si só e sem o exercício de julgamento profissional e avaliação clínica, qualquer condição médica ou doença, nem a indicar conclusivamente a ausência de qualquer doença, incluindo a COVID-19, e não substitui o diagnóstico e tratamento por um profissional médico certificado. A tecnologia não foi exaustivamente testada e não há garantia de que seja precisa, útil, suficiente, satisfatória, disponível ou adequada para qualquer finalidade. Na máxima extensão permitida pela legislação aplicável, a Solução é fornecida "NO ESTADO EM QUE SE ENCONTRA", "COM TODAS AS FALHAS" e sem quaisquer garantias ou garantias de serviço.
Nota: Para os resultados textuais acima, consulte Testes rápidos e precisos para esclarecimentos.

Visão geral

Em 5 de fevereiro de 2020, a Comissão Nacional de Saúde da China publicou o Programa de Diagnóstico e Tratamento de Pneumonia por Infecção pelo Novo Coronavírus (Versão Experimental Quinta Edição e Posteriores), que destacou que as evidências médicas recomendadas para o diagnóstico de patógenos são: RT-PCR fluorescente em tempo real de amostras respiratórias ou sanguíneas para detecção de ácido nucleico do novo coronavírus; e sequenciamento de genes virais em amostras respiratórias ou sanguíneas, com alta homologia aos novos coronavírus conhecidos.

A tecnologia de análise de sequenciamento do genoma completo permite o sequenciamento do genoma viral da amostra ao relatório. Ela estabelece capacidades de triagem e análise viral para centros de controle de doenças e agências alfandegárias locais que precisam gerenciar a COVID-19. Oferece triagem de dados genéticos virais, análise automatizada e geração de relatórios, podendo também funcionar como plataforma de pesquisa para laboratórios com capacidades experimentais e de sequenciamento.

Por meio da otimização de algoritmos e modelos, é possível concluir o teste do novo coronavírus em 14,5 horas com alto throughput de 20 amostras (dependendo do tamanho da amostra e do throughput de sequenciamento). Isso ajuda a resolver questões fundamentais nas abordagens atuais de testagem, como capacidade insuficiente de detecção de ácido nucleico, alta taxa de falsos negativos do método PCR e possíveis mutações do vírus em escala mundial.

Destaques da tecnologia

  • Testes rápidos e precisos para melhorar o gerenciamento de surtos locais

    Com base no método de sequenciamento do genoma completo, a detecção correspondente deve ser precisa e eficaz na prevenção de desconhecimento sobre mutações virais. O protocolo integra tecnologias avançadas relacionadas a bibliotecas experimentais, sequenciamento computacional e análise de dados, reduzindo o tempo dos métodos de sequenciamento e aumentando o throughput de processamento laboratorial

  • Otimização de algoritmos centrais e monitoramento abrangente do desenvolvimento e das mudanças da COVID-19

    Essa tecnologia analisa as características dos genes do vírus da COVID-19; otimiza o procedimento de treinamento de algoritmos com base em dados de conjuntos públicos; projeta algoritmos distribuídos e paralelos para acelerar o processo de análise; e desenvolve um método rápido de junção viral. Além disso, o design de análise evolutiva e de estrutura proteica com base em algoritmos de IA ajuda a descobrir a origem evolutiva, o tempo de evolução e a estrutura tridimensional do vírus. A solução também fornece subsídios para o desenvolvimento de vacinas e medicamentos antivirais

  • Implantação rápida e fácil de usar, com operação e configuração modulares e simplificadas

    A tecnologia conecta perfeitamente o instrumento de preparação de bibliotecas, o sequenciador e o computador de análise para realizar o processo totalmente automático, da amostra ao relatório. Pode ser implantada rapidamente e oferece uma interface de operação baseada na web, permitindo que o pessoal da linha de frente inicie a análise de uma amostra com um único clique e visualize diretamente o relatório final. Além do sistema completo, também pode integrar-se aos equipamentos experimentais e de sequenciamento já existentes dos clientes

Sequenciamento genômico da amostra ao relatório

Essa tecnologia de análise de sequenciamento do genoma completo gera três resultados principais.

Relatório de análise de homologia: Análise de homologia com sequências virais por meio de análise e junção de sequências para gerar um relatório final personalizado.
Análise evolutiva: Construção de árvore evolutiva, mapa temporal para análise inteligente da transmissão ou evolução viral, análise inteligente do tempo de infecção.
Análise estrutural: Previsão da estrutura secundária e tridimensional das proteínas virais.

Testes rápidos e precisos

Essa tecnologia reduz significativamente o tempo de análise de dados para 0,5 hora em um experimento com 20 amostras em paralelo, sendo capaz de testar uma amostra em 43,5 minutos.

Nota: O tempo de 43,5 minutos é calculado com base em testes com tamanho de amostra de 30-100 GB no NextSeq 500. O tempo total de teste é de 14,5 horas para cada experimento com 20 amostras em paralelo, sendo 3 horas para preparação laboratorial; 11 horas para sequenciamento genético; e 0,5 hora para análise de dados impulsionada por esta tecnologia de análise de sequenciamento do genoma completo. O tempo de conclusão do teste de uma amostra é de 43,5 minutos, dividindo-se as 14,5 horas por 20 amostras. Esse resultado de teste apresenta um tempo variável, dependendo do tamanho da amostra e do throughput de sequenciamento.

Gratuito para instituições de pesquisa públicas

Plataformas gratuitas de computação e IA para ajudar na pesquisa, análise e combate à COVID-19 ("Programa") destinam-se a apoiar centros de controle de doenças e instituições de pesquisa genômica em todo o mundo na pesquisa, análise e prevenção da COVID-19. Você pode enviar o resumo e a descrição do seu projeto de pesquisa para wanqing.hwq@alibaba-inc.com. Todas as solicitações serão avaliadas quanto à viabilidade técnica, e os candidatos elegíveis serão contatados para mais detalhes e próximas etapas do processo. Após a aprovação da solicitação, o candidato receberá um determinado valor em cupons de acordo com o projeto, válidos por 3 meses. Os cupons podem ser usados em todos os produtos da Alibaba Cloud, incluindo HPC, ECS e GPU, excluindo produtos do marketplace e produtos de terceiros.

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