Analyse par séquençage du génome entier pour la COVID-19

Cette technologie permet de détecter avec précision les mutations virales et de réduire la durée d'analyse génétique des cas suspects de plusieurs heures à seulement 30 minutes, raccourcissant ainsi considérablement le temps d'analyse.

Envoyez votre candidature : Les plateformes gratuites de calcul et d'IA pour la recherche, l'analyse et la lutte contre la COVID-19 (le « Programme ») sont destinées à accompagner les centres de contrôle des maladies et les organismes de recherche en génomique du monde entier dans la recherche, l'analyse et la prévention de la COVID-19. Cette technologie est soumise à disponibilité après confirmation. Vous pouvez envoyer le résumé et la description de votre projet de recherche à wanqing.hwq@alibaba-inc.com. Toutes les candidatures seront examinées quant à leur faisabilité technique, et les candidats éligibles seront contactés pour plus de détails sur les prochaines étapes du processus. Une fois la candidature acceptée, le candidat recevra un certain montant de coupons en fonction du projet, valables pendant 3 mois. Les coupons sont utilisables sur tous les produits Alibaba Cloud, y compris HPC, ECS et GPU, à l'exclusion des produits du Marketplace et des produits tiers.
Avertissement : Cette technologie n'est pas destinée à diagnostiquer, par elle-même et sans l'exercice d'un jugement professionnel et d'une évaluation clinique, une condition médicale ou une maladie, ni à indiquer de manière concluante l'absence de toute maladie, y compris la COVID-19. Cette technologie ne remplace pas le diagnostic et le traitement par un professionnel de santé certifié. La technologie n'a pas été testée de manière approfondie et n'est en aucun cas garantie comme étant précise, utile, suffisante, satisfaisante, disponible ou adaptée à quelque fin que ce soit. Dans la mesure maximale permise par la loi applicable, la Solution est fournie « EN L'ÉTAT », « AVEC TOUS SES DÉFAUTS » et sans aucune garantie ni engagement de service.
Remarque : Pour plus de précisions sur les résultats décrits, veuillez consulter la section Tests rapides et précis.

Aperçu

Le 5 février 2020, la Commission nationale de la santé et de la médecine de Chine a publié le Programme de diagnostic et de traitement de la pneumonie due à une infection par le nouveau coronavirus (cinquième édition d'essai et éditions ultérieures), qui soulignait que les preuves médicales recommandées pour le diagnostic des agents pathogènes sont les suivantes : la RT-PCR fluorescente en temps réel sur des échantillons respiratoires ou sanguins pour détecter l'acide nucléique du nouveau coronavirus, et le séquençage des gènes viraux dans des échantillons respiratoires ou sanguins, hautement homologues aux nouveaux coronavirus connus.

La technologie d'analyse du génome entier permet le séquençage du génome viral, de l'échantillon au rapport. Elle établit des capacités de dépistage et d'analyse virale pour les centres de contrôle des maladies et les services de douane locaux confrontés à la COVID-19. Outre le criblage des données génétiques virales, l'analyse automatisée et la génération de rapports, cette technologie peut également servir de plateforme de recherche pour les laboratoires disposant de capacités expérimentales et de séquençage.

Grâce à l'optimisation des algorithmes et des modèles, cette solution réalise le test du nouveau coronavirus en 14,5 heures avec un débit élevé de 20 échantillons (selon la taille de l'échantillon et le débit de séquençage). Elle contribue à résoudre les problèmes clés des approches de dépistage actuelles, tels que l'insuffisance de la capacité de détection des acides nucléiques, le taux élevé de faux négatifs de la méthode PCR et la mutation possible du virus à l'échelle mondiale.

Points forts technologiques

  • Des tests rapides et précis pour améliorer la gestion des épidémies locales

    Basée sur la méthode de séquençage du génome entier, la détection est censée être précise et efficace pour éviter que les mutations virales ne passent inaperçues. Le protocole intègre des technologies avancées liées aux bibliothèques expérimentales, au séquençage informatique et à l'analyse de données, réduisant ainsi la durée des méthodes de séquençage et augmentant le débit de traitement en laboratoire.

  • Optimisation de l'algorithme central et suivi exhaustif de l'évolution et des mutations de la COVID-19

    Cette technologie analyse les caractéristiques des gènes du virus de la COVID-19, optimise la procédure d'entraînement des algorithmes à partir de données issues de jeux de données publics, conçoit des algorithmes distribués et parallèles pour accélérer le processus d'analyse et développe une méthode rapide d'assemblage viral. De plus, la conception de l'analyse évolutive et de l'analyse de la structure protéique basée sur des algorithmes d'IA permet de découvrir la source évolutive, la période d'évolution et la structure tridimensionnelle du virus. La solution fournit également une base pour le développement de vaccins et de médicaments antiviraux.

  • Déploiement rapide et utilisation facile grâce à une exploitation et une configuration modulaires et simplifiées

    Cette technologie connecte de manière transparente l'instrument de préparation de bibliothèques, le séquenceur et le système d'analyse informatique pour réaliser un processus entièrement automatisé, de l'échantillon au rapport. Elle peut être déployée rapidement et fournit une interface d'utilisation web. Le personnel de première ligne peut ainsi lancer l'analyse d'un échantillon en un clic et consulter directement le rapport final. Outre le système complet, elle peut également s'interfacer avec les équipements expérimentaux et de séquençage existants des clients.

Séquençage du génome, de l'échantillon au rapport

Cette technologie d'analyse de séquences génomiques complètes génère trois principaux résultats :

• Rapport d'analyse d'homologie : analyse de l'homologie avec les séquences virales par analyse et assemblage de séquences pour former un rapport final personnalisé.
• Analyse évolutive : construction d'un arbre phylogénétique, cartographie temporelle pour une analyse intelligente de la transmission ou de l'évolution virale, analyse intelligente du temps d'infection.
• Analyse structurale : prédiction de la structure secondaire et de la structure tridimensionnelle des protéines virales.

Tests rapides et précis

Cette technologie réduit considérablement le temps d'analyse des données à 0,5 heure pour une expérience de 20 échantillons en parallèle, et permet de tester un échantillon en 43,5 minutes.

Remarque : le temps de 43,5 minutes est calculé sur la base d'une taille d'échantillon de 30 à 100 Go et sur le NextSeq 500. Le temps de test total est de 14,5 heures pour chaque expérience de 20 échantillons en parallèle, dont 3 heures pour la construction de bibliothèque en laboratoire, 11 heures pour le séquençage génique et 0,5 heure pour l'analyse de données réalisée par cette technologie d'analyse des séquences du génome entier. Le temps nécessaire pour tester un échantillon est de 43,5 minutes, obtenu en divisant les 14,5 heures par 20 échantillons. Ce résultat de test présente une durée variable, selon la taille de l'échantillon et le débit de séquençage.

Gratuit pour les institutions de recherche publiques

Les plateformes gratuites de calcul et d'IA pour la recherche, l'analyse et la lutte contre la COVID-19 (le « Programme ») sont destinées à accompagner les centres de contrôle des maladies et les institutions de recherche en génomique du monde entier dans leurs travaux d'analyse et de prévention de la COVID-19. Vous pouvez soumettre le résumé et la description de votre projet de recherche à wanqing.hwq@alibaba-inc.com. Nous examinerons chaque soumission selon sa faisabilité technique. Les candidats éligibles seront ensuite contactés pour plus de détails sur les prochaines étapes. Une fois la soumission acceptée, le candidat recevra un montant de coupon déterminé en fonction du projet, valable pendant 3 mois. Le coupon est utilisable sur tous les produits Alibaba Cloud, y compris HPC, ECS et GPU, à l'exclusion des produits du Marketplace et des produits tiers.

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