Visão geral
A tecnologia Elastic High Performance Computing (HPC) está agora disponível para pesquisadores em todo o mundo para acelerar a descoberta de medicamentos e vacinas e os esforços de saúde pública contra o surto global da nova doença por coronavírus (COVID-19).
Até o momento, esta tecnologia apoiou cerca de 20 grupos de pesquisa na implementação de estudos sobre a COVID-19 com soluções como design de medicamentos orientado por AI, diagnósticos por imagem de TC e metatranscritômica em bioinformática. O sistema inteligente de diagnóstico por TC para pneumonia por COVID-19 desenvolvido pela Universidade Tsinghua consegue concluir o diagnóstico de casos suspeitos em 10 segundos. A taxa de transferência de conjuntos de dados bioinformáticos foi acelerada em 5 vezes, e o desempenho da montagem genética foi aumentado em 25% para a Universidade Sun Yat-sen. A Jingtai Technology reduziu o tempo de triagem virtual de medicamentos de mais de um mês para uma semana, acelerando significativamente o processo de testes in vitro de medicamentos.
A tecnologia Elastic High Performance Computing (E-HPC) oferece uma plataforma de HPC+AI para pesquisadores em aplicações e soluções de ciências da vida executadas na nuvem, especialmente para Computational-Driven-Drug-Design (CDDD) e AI-Driven-Drug-Design (AIDDD) voltados à COVID-19, permitindo que os pesquisadores se concentrem exclusivamente na pesquisa.
Casos de uso
Estes três casos de uso de pesquisadores globais utilizam a tecnologia Elastic HPC diretamente em pesquisas de ciências da vida sobre a COVID-19 ou acessam a plataforma de pesquisa do Global Health Drug Discovery Institute (GHDDI). A plataforma de pesquisa e desenvolvimento de medicamentos do GHDDI foi estabelecida com sucesso e atendeu mais de 100 pesquisadores externos.
Esta tecnologia
Para acelerar o processo de pesquisa, a tecnologia E-HPC fornece instâncias de alto desempenho com rede RoCE e GPGPU, além de pacotes de software otimizados, como Gromacs e NAMD. Pesquisadores biofarmacêuticos podem acessar o cluster via SSH e conduzir as pesquisas diretamente.
Como o E-HPC é uma plataforma aberta, os parceiros biofarmacêuticos deste programa podem integrar suas soluções ao cluster E-HPC e combinar soluções e recursos computacionais em um único ambiente, disponibilizando-os aos seus parceiros. Por exemplo, o Global Health Drug Discovery Institute (GHDDI) estabeleceu a plataforma "Sistema Federado de Dados e AI para Descoberta Colaborativa de Medicamentos". Pesquisadores parceiros do GHDDI também podem usar o cluster E-HPC por meio da plataforma do GHDDI.
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A tecnologia Elastic HPC fornece clusters de computação paralela com aceleração de transferência de dados para apoiar o processo de análise de metatranscritômica em bioinformática. O serviço E-HPC implementa transferência remota de dados genéticos, descompressão, montagem, alinhamento e mapeamento por meio do processo computacional.
Ao aproveitar o recurso de aceleração de transferência de dados entre regiões, os dados do banco de dados público podem ser rapidamente transferidos para os clusters de computação locais dos clientes.
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Esta tecnologia
O Global Health Drug Discovery Institute (GHDDI) criou um sistema computacional de descoberta de medicamentos especificamente projetado para a COVID-19 com a tecnologia Elastic HPC.
O GHDDI e seus parceiros já realizaram esforços computacionais abrangentes para a descoberta de medicamentos contra a COVID-19. O GHDDI agora convida a comunidade científica mundial a colaborar com base nos esforços anteriores para maximizar a eficiência e minimizar trabalhos redundantes.
O Sistema de Computação em Nuvem para Descoberta de Medicamentos contra a COVID-19 oferece:
• Repositórios de dados do GHDDI sobre a COVID-19: banco de dados de farmacologia antiviral, dados de estrutura 3D para alvos do SARS-CoV-2 e alvos hospedeiros relacionados, além de bibliotecas virtuais de compostos que abrangem milhões de compostos disponíveis comercialmente.
• Sistemas computacionais: modelos de triagem de medicamentos por AI treinados e ambiente de deep learning totalmente configurado baseado em Pytorch, sistema convencional de triagem virtual usando ferramentas como GOLD e AutoDock com capacidade de processamento paralelizado, e ferramentas computacionais de biofísica como Amber e NAMD para estudo de mecanismos de alvos e cálculo de energia livre para refinamento de docking.
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Grátis para institutos de pesquisa
Plataformas gratuitas de computação e AI para ajudar a pesquisar, analisar e combater a COVID-19 ("Programa") destinam-se a apoiar instituições públicas de pesquisa em todo o mundo na análise e prevenção da COVID-19. Você pode enviar o resumo e a descrição do seu projeto de pesquisa para wanqing.hwq@alibaba-inc.com. Todas as submissões serão avaliadas quanto à viabilidade técnica, e os candidatos elegíveis serão contatados para mais detalhes e próximos passos do processo. Após a aprovação da submissão, o candidato receberá um valor em cupons conforme o projeto, válido por 3 meses. Os cupons podem ser usados em todos os produtos da Alibaba Cloud, incluindo HPC, ECS e GPU, exceto produtos do marketplace e produtos de terceiros.
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