概要
Elastic High Performance Computing (HPC) テクノロジーは、新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の世界的流行に対し、創薬・ワクチン開発および公衆衛生の取り組みを加速するために、世界中の研究者に提供されています。
現在までに、このテクノロジーは約 20 の研究グループによる COVID-19 研究を支援しており、AI 駆動の創薬設計、CT イメージング診断、バイオインフォマティクス メタトランスクリプトミクスなどのソリューションを提供しています。清華大学が開発した COVID-19 肺炎のインテリジェント CT 診断システムは、疑い症例の診断を 10 秒で完了できます。中山大学では、バイオインフォマティクスのデータセット転送速度が 5 倍に向上し、遺伝子アセンブリのパフォーマンスが 25% 向上しました。Jingtai technology は、薬剤のバーチャルスクリーニングにかかる時間を 1 か月以上から 1 週間に短縮し、in vitro 試験プロセスを大幅に加速しました。
Elastic High Performance Computing (E-HPC) テクノロジーは、ライフサイエンス分野のアプリケーションやソリューションをクラウド上で提供する HPC+AI プラットフォームです。特に COVID-19 向けの Computational-Driven-Drug-Design (CDDD) や AI-driven-Drug-Design (AIDDD) に対応しており、研究者が研究に専念できる環境を実現します。
ユースケース
世界中の研究者による以下の 3 つのユースケースでは、Elastic HPC テクノロジーを COVID-19 に関するライフサイエンス研究に直接活用するか、Global Health Drug Discovery Institute (GHDDI) の研究プラットフォームにアクセスして利用しています。GHDDI の創薬研究開発プラットフォームは既に構築が完了し、100 名以上の外部研究者に提供されています。
このテクノロジー
研究プロセスを加速するため、E-HPC テクノロジーは RoCE ネットワークと GPGPU を搭載した高性能インスタンス、さらに Gromacs や NAMD などのパフォーマンスチューニング済みソフトウェアパッケージを提供します。バイオ医薬品の研究者は、SSH でクラスターにログインし、直接研究を行うことができます。
E-HPC はオープンプラットフォームであるため、本プログラムのバイオ医薬品パートナーは、E-HPC クラスターにソリューションを統合し、ソリューションとコンピューティングリソースを一体化してパートナーに提供できます。たとえば、Global Health Drug Discovery Institute (GHDDI) は「Federated Data and AI System for Collaborative Drug Discovery」プラットフォームを構築しています。GHDDI パートナーの研究者は、GHDDI プラットフォームを通じて E-HPC クラスターを利用することも可能です。
関連プロダクト
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オールインワンの高性能パブリックコンピューティングサービスを提供する HPCaaS クラウドプラットフォーム。
このテクノロジー
Elastic HPC テクノロジーは、バイオインフォマティクスのメタトランスクリプトミクス解析プロセスをサポートするために、データ転送アクセラレーション機能を備えた並列計算クラスターを提供します。E-HPC サービスでは、リモートでの遺伝子データ転送、解凍、アセンブリ、アライメント、マッピングを計算プロセスを通じて実行します。
クロスリージョンのデータ転送アクセラレーション機能を活用することで、パブリックデータベースのデータをお客様のローカル計算クラスターに高速転送できます。
関連プロダクト
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オールインワンの高性能パブリックコンピューティングサービスを提供する HPCaaS クラウドプラットフォーム。
このテクノロジー
Global Health Drug Discovery Institute (GHDDI) は、Elastic HPC テクノロジーを活用し、COVID-19 に特化した高性能コンピューテーショナル創薬システムを構築しました。
GHDDI はパートナーと共に、COVID-19 の創薬に向けた包括的な計算科学の取り組みを既に実施しています。現在 GHDDI は、効率を最大化し重複作業を最小化するため、これまでの成果を基に世界中の科学コミュニティに共同研究への参加を呼びかけています。
COVID-19 創薬クラウドコンピューティングシステムの主な機能：
⢠GHDDI COVID-19 データリポジトリ：抗ウイルス薬理学データベース、SARS-CoV-2 ターゲットおよび関連する宿主ターゲットの 3D 構造データ、数百万の市販化合物をカバーする仮想化合物ライブラリ。
⢠計算システム：学習済み AI 創薬スクリーニングモデル、PyTorch ベースの完全構成済みディープラーニング環境、GOLD や AutoDock を使用した従来型バーチャルスクリーニングシステム（並列処理機能付き）、ターゲットメカニズム研究およびドッキング精緻化のための自由エネルギー計算用の Amber、NAMD などの生物物理学的計算ツール。
関連プロダクト
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公的研究機関向け無料提供
COVID-19 の研究、分析、対策を支援する無料のコンピューティング・AI プラットフォーム (以下「プログラム」) は、世界中の公的研究機関を対象としています。研究プロジェクトの概要と説明を wanqing.hwq@alibaba-inc.com に送信してください。すべての応募は技術的な実現可能性を審査し、適格な応募者には詳細と次のステップについてご連絡いたします。応募が承認されると、プロジェクトに応じた一定額のクーポンが付与されます (有効期間 3 か月)。クーポンは HPC、ECS、GPU を含むすべての Alibaba Cloud プロダクトに利用できますが、マーケットプレイスのプロダクトおよびサードパーティプロダクトは対象外です。
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