Elastic High Performance Computing (E-HPC) は、主要なコンピューティングアプリケーション、ランタイムライブラリ、および Message Passing Interface (MPI) ライブラリを提供します。このトピックでは、E-HPC でサポートされているソフトウェアと、その使用シナリオについて説明します。
E-HPC ソフトウェアスタック
このトピックにリストされているすべてのソフトウェアは、自動的にデプロイできます。カスタムイメージを使用してソフトウェアをデプロイすることもできます。
ソフトウェア一覧
ソフトウェア
サポートされているバージョン
説明
必須の依存関係
ABySS
2.1.5
ショートリード用に設計された、並列ペアエンドゲノムアセンブラ。E-HPC はその並列バージョンを提供します。
Intel-MPI 2018
Anaconda
2018.12-py27
2018.12-py37
Python ベースのパッケージ管理およびデプロイプラットフォーム。
なし
BLAST
2.8.1
一次生物学的配列情報を比較するためのアルゴリズムとプログラム。
なし
DeepChem
2.0.0
創薬のための Python ディープラーニングライブラリ。
なし
GAMESS-GPU
2018.2
非経験的分子量子化学のためのプログラム。 E-HPC は、GPU アクセラレーションバージョンを提供します。
CUDA-Toolkit 9.0
GROMACS
5.0.7
分子動力学シミュレーションを実行するためのエンジン。 E-HPC は、シングルプロセッサバージョンを提供します。
なし
GROMACS-OpenMPI
5.0.7
分子動力学シミュレーションを実行するためのエンジン。 E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。
OpenMPI 1.10.7
GROMACS-CPU-AVX512
2018.3
分子動力学シミュレーションを実行するためのエンジン。E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。AVX-512 がサポートされています。
Intel-MPI 2018
Intel-MKL 2018
Intel-ICC-RUNTIME 2018
GROMACS-GPU
2018.1
分子動力学シミュレーションを実行するためのエンジン。E-HPC は、マルチノード GPU アクセラレーションバージョンを提供します。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
HELYX-OS
2.4.0
学術用途およびエントリーレベルの計算流体力学 (CFD) 向けの GUI。
なし
HMMER
3.2.1
プロファイル隠れマルコフモデル (プロファイル HMM) を使用してシーケンスアラインメントを作成するためのソフトウェアパッケージ。
なし
LAMMPS-CPU-INTELMPI
12Dec18
分子動力学シミュレーションを実行するためのエンジン。 E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。
Intel-MPI 2018
LAMMPS-GPU-OpenMPI
12Dec18
分子動力学シミュレーションを実行するためのエンジン。 E-HPC は、マルチノード GPU アクセラレーションバージョンを提供します。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
Miniconda
py27
py37
conda の最小限のインストーラー。
なし
MOMAP
1.0.1
有機機能材料の発光特性と移動度を予測するためのソフトウェアパッケージ。 E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。
MPICH2
NAMD-OpenMPI
2.12
分子動力学シミュレーションを実行するためのエンジン。E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。
OpenMPI 1.10.7
NAMD-GPU-MULTICORE
2.12
分子動力学シミュレーションを実行するためのエンジン。 E-HPC は、シングルノード GPU アクセラレーションバージョンを提供します。
CUDA-Toolkit 9.0
NAMD-GPU
2.12
分子動力学シミュレーションを実行するためのエンジン。 E-HPC は、マルチノード GPU アクセラレーションバージョンを提供します。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
OpenFOAM-OpenMPI
5.0
CFD シミュレーションを実行するためのエンジン。 E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。
OpenMPI 1.10.7
OVITO
2.9.0
原子および粒子シミュレーションデータ用の科学的視覚化および分析ソフトウェア。
なし
ParaView
4.3.1
マルチプラットフォームデータ分析および視覚化アプリケーション。データ探索は 3D でインタラクティブに行うことができます。
なし
Relion-OpenMPI
2.0.3
単粒子電子クライオ電子顕微鏡法 (クライオ EM) 構造決定のための経験的ベイズアプローチを採用したソフトウェアパッケージ。 E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。
OpenMPI 1.10.7
Relion-GPU
2.0.3
単粒子電子クライオ電子顕微鏡法 (クライオ EM) 構造決定のための経験的ベイズアプローチを採用したソフトウェアパッケージ。 E-HPC は、マルチノード GPU アクセラレーションバージョンを提供します。
OpenMPI 3.0.0
Semtex
8.2
CFD ソルバー。 E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。
OpenMPI 1.10.7
TensorFlow
1.7.0-cp27-pypi
データフローグラフを使用した数値計算用のオープンソースソフトウェアライブラリ。
なし
TensorFlow-GPU
1.7.0-cp27-pypi
データフローグラフを使用した数値計算用のオープンソースソフトウェアライブラリ。 E-HPC は GPU アクセラレーションバージョンを提供します。
なし
VMD
1.9.3
分子モデリングおよび視覚化コンピュータプログラム。
なし
WRF-MPICH
3.8.1
大気研究と運用予測の両方のニーズに対応するように設計された数値天気予報システム。 E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。
MPICH 3.2
WRF-OpenMPI
3.8.1
大気研究と運用予測の両方のニーズに対応するように設計された数値天気予報システム。 E-HPC は、マルチノード並列バージョンを提供します。
OpenMPI 1.10.7
パフォーマンステストソフトウェア
ソフトウェア
サポートされているバージョン
説明
必須の依存関係
LINPACK
2018
浮動小数点演算能力の尺度。
Intel-MPI 2018
STREAM
2018
メモリ帯域幅の尺度。
なし
Intel-MPI-Benchmarks
2019
MPI パフォーマンスの尺度。
Intel-MPI 2018
OSU-Micro-Benchmarks
5.4.4
MPI パフォーマンスの尺度。
Intel-MPI 2018
Iperf
2.0.12
ネットワーク帯域幅の尺度。
なし
FIO
3.1
ディスク I/O パフォーマンスの尺度。
なし
ランタイムライブラリ
MPI ライブラリ
GPU アクセラレーションライブラリ
Intel パフォーマンスライブラリ
Intel-MPI
OpenMPI
MPICH
MVAPICH
CUDA-Toolkit
cuDNN
Intel-ICC-RUNTIME
Intel-IFORT-RUNTIME
Intel-MKL
Intel-DAAL
Intel-IPPIntel-TBB