E-HPC は、アプリケーション、コンパイラランタイムライブラリ、メッセージパッシングインターフェイス (MPI) ライブラリなど、科学計算向けの主要なソフトウェアを提供します。このトピックでは、E-HPC がサポートするソフトウェアと、その一般的なユースケースについて説明します。
E-HPC ソフトウェアスタック
このセクションでは、自動デプロイに使用できるソフトウェアを一覧で示します。必要に応じて、カスタムイメージを使用して他のソフトウェアをデプロイすることもできます。
ソフトウェア一覧
名前
バージョン
説明
必要な依存パッケージ
ABySS
2.1.5
短い配列用のペアエンドゲノムアセンブリツール。マルチノード並列バージョン。
Intel-MPI 2018
Anaconda
2018.12-py27
2018.12-py37
Python 環境管理ツール。
なし
BLAST
2.8.1
バイオインフォマティクスデータベースの類似性検索用解析ソフトウェア。
なし
DeepChem
2.0.0
創薬設計向けのディープラーニング Python ライブラリ。
なし
GAMESS-GPU
2018.2
非経験的量子化学ソフトウェア。GPU アクセラレーションバージョン。
CUDA-Toolkit 9.0
GROMACS
5.0.7
分子動力学シミュレーションソフトウェア。シングルノードバージョン。
なし
GROMACS-OpenMPI
5.0.7
分子動力学シミュレーションソフトウェア。マルチノード並列バージョン。
OpenMPI 1.10.7
GROMACS-CPU-AVX512
2018.3
分子動力学シミュレーションソフトウェア。AVX512 命令セットをサポートするマルチノード並列バージョン。
Intel-MPI 2018
Intel-MKL 2018
Intel-ICC-RUNTIME 2018
GROMACS-GPU
2018.1
分子動力学シミュレーションソフトウェア。マルチノード GPU アクセラレーションバージョン。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
HELYX-OS
2.4.0
可視化をサポートする流体力学用の前処理ソフトウェア。
なし
HMMER
3.2.1
隠れマルコフモデルに基づく生体配列アラインメントおよび解析ソフトウェア。
なし
LAMMPS-CPU-INTELMPI
12Dec18
分子動力学シミュレーションソフトウェア。マルチノード並列バージョン。
Intel-MPI 2018
LAMMPS-GPU-OpenMPI
12Dec18
分子動力学シミュレーションソフトウェア。マルチノード GPU アクセラレーションバージョン。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
Miniconda
py27
py37
最小構成の conda 環境。
なし
MOMAP
1.0.1
多分子材料の特性予測ソフトウェア。マルチノード並列バージョン。
MPICH2
NAMD-OpenMPI
2.12
分子動力学シミュレーションソフトウェア。マルチノード並列バージョン。
OpenMPI 1.10.7
NAMD-GPU-MULTICORE
2.12
分子動力学シミュレーションソフトウェア。シングルノード GPU アクセラレーションバージョン。
CUDA-Toolkit 9.0
NAMD-GPU
2.12
分子動力学シミュレーションソフトウェア。マルチノード GPU アクセラレーションバージョン。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
OpenFOAM-OpenMPI
5.0
流体力学シミュレーションソフトウェア。マルチノード並列バージョン。
OpenMPI 1.10.7
OVITO
2.9.0
原子および粒子シミュレーションデータ用の科学的可視化および解析ソフトウェア。
なし
ParaView
4.3.1
2D および 3D データの解析および可視化ソフトウェア。
なし
Relion-OpenMPI
2.0.3
単粒子クライオ電子顕微鏡法ソフトウェア。マルチノード並列バージョン。
OpenMPI 1.10.7
Relion-GPU
2.0.3
単粒子クライオ電子顕微鏡法ソフトウェア。マルチノード GPU アクセラレーションバージョン。
OpenMPI 3.0.0
Semtex
8.2
流体力学ソルバー。マルチノード並列バージョン。
OpenMPI 1.10.7
TensorFlow
1.7.0-cp27-pypi
データストリームに基づくオープンソースのディープラーニングフレームワーク。
なし
TensorFlow-GPU
1.7.0-cp27-pypi
データストリームに基づくオープンソースのディープラーニングフレームワーク。GPU アクセラレーションバージョン。
CUDA-Toolkit 9.0
VMD
1.9.3
分子動力学シミュレーション用の可視化ソフトウェア。
なし
WRF-MPICH
3.8.1
気象研究および天気予報用の大気モデリングシステム。マルチノード並列バージョン。
MPICH 3.2
WRF-OpenMPI
3.8.1
気象研究および天気予報用の大気モデリングシステム。マルチノード並列バージョン。
OpenMPI 1.10.7
パフォーマンス テスト ソフトウェア
名前
バージョン
説明
必要な依存パッケージ
LINPACK
2018
浮動小数点パフォーマンス評価ツール。
Intel-MPI 2018
STREAM
2018
メモリ帯域幅評価ツール。
なし
Intel-MPI-Benchmarks
2019
MPI 通信効率評価ツール。
Intel-MPI 2018
OSU-Micro-Benchmarks
5.4.4
MPI 通信効率評価ツール。
Intel-MPI 2018
Iperf
2.0.12
ネットワーク帯域幅評価ツール。
なし
FIO
3.1
ディスク I/O 効率評価ツール。
なし
ランタイムライブラリ
MPI 通信ライブラリ
GPU アクセラレーションライブラリ
Intel 高性能ライブラリ
Intel-MPI
OpenMPI
MPICH (MPICH2、3.2 など)
MVAPICH
CUDA-Toolkit
cuDNN
Intel-ICC-RUNTIME
Intel-IFORT-RUNTIME
Intel MKL
Intel DAAL
Intel IPP and Intel TBB