Elastic High Performance Computing (E-HPC) menyediakan aplikasi komputasi utama, pustaka runtime, dan pustaka Message Passing Interface (MPI). Topik ini menjelaskan perangkat lunak yang didukung oleh E-HPC serta skenario penggunaannya.
Tumpukan perangkat lunak E-HPC
Semua perangkat lunak yang terdaftar dalam topik ini dapat diterapkan secara otomatis. Anda juga dapat menerapkannya menggunakan gambar kustom.
Daftar Perangkat Lunak
Perangkat Lunak
Versi yang Didukung
Deskripsi
Dependensi yang Diperlukan
ABySS
2.1.5
Sebuah assembler genom paralel berpasangan yang dirancang untuk bacaan pendek. E-HPC menyediakan versi paralelnya.
Intel-MPI 2018
Anaconda
2018.12-py27
2018.12-py37
Sebuah platform manajemen dan penyebaran paket berbasis Python.
Tidak ada
BLAST
2.8.1
Sebuah algoritma dan program untuk membandingkan informasi urutan biologis primer.
Tidak ada
DeepChem
2.0.0
Sebuah pustaka pembelajaran mendalam berbasis Python untuk penemuan obat.
Tidak ada
GAMESS-GPU
2018.2
Sebuah program untuk kimia kuantum molekuler ab initio. E-HPC menyediakan versi yang dipercepat GPU-nya.
CUDA-Toolkit 9.0
GROMACS
5.0.7
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi dinamika molekuler. E-HPC menyediakan versi single-prosesornya.
Tidak ada
GROMACS-OpenMPI
5.0.7
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi dinamika molekuler. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya.
OpenMPI 1.10.7
GROMACS-CPU-AVX512
2018.3
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi dinamika molekuler. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya. AVX-512 didukung.
Intel-MPI 2018
Intel-MKL 2018
Intel-ICC-RUNTIME 2018
GROMACS-GPU
2018.1
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi dinamika molekuler. E-HPC menyediakan versi multi-node yang dipercepat GPU-nya.
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
HELYX-OS
2.4.0
Sebuah GUI yang ditujukan untuk penggunaan akademik dan entry-level computational fluid dynamics (CFD).
Tidak ada
HMMER
3.2.1
Sebuah paket perangkat lunak untuk membuat penyelarasan urutan dengan menggunakan model Markov tersembunyi profil (profile HMMs).
Tidak ada
LAMMPS-CPU-INTELMPI
12Des18
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi dinamika molekuler. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya.
Intel-MPI 2018
LAMMPS-GPU-OpenMPI
12Des18
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi dinamika molekuler. E-HPC menyediakan versi multi-node yang dipercepat GPU-nya.
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
Miniconda
py27
py37
Sebuah installer minimal untuk conda.
Tidak ada
MOMAP
1.0.1
Sebuah paket perangkat lunak untuk memprediksi sifat luminesensi dan mobilitas material fungsional organik. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya.
MPICH2
NAMD-OpenMPI
2.12
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi dinamika molekuler. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya.
OpenMPI 1.10.7
NAMD-GPU-MULTICORE
2.12
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi dinamika molekuler. E-HPC menyediakan versi single-node yang dipercepat GPU-nya.
CUDA-Toolkit 9.0
NAMD-GPU
2.12
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi dinamika molekuler. E-HPC menyediakan versi multi-node yang dipercepat GPU-nya.
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
OpenFOAM-OpenMPI
5.0
Sebuah mesin untuk melakukan simulasi CFD. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya.
OpenMPI 1.10.7
OVITO
2.9.0
Sebuah perangkat lunak visualisasi dan analisis ilmiah untuk data simulasi atomistik dan partikel.
Tidak ada
ParaView
4.3.1
Sebuah aplikasi analisis dan visualisasi data multi-platform. Eksplorasi data dapat dilakukan secara interaktif dalam 3D.
Tidak ada
Relion-OpenMPI
2.0.3
Sebuah paket perangkat lunak yang menggunakan pendekatan Bayesian empiris untuk penentuan struktur cryo-EM partikel tunggal. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya.
OpenMPI 1.10.7
Relion-GPU
2.0.3
Sebuah paket perangkat lunak yang menggunakan pendekatan Bayesian empiris untuk penentuan struktur cryo-EM partikel tunggal. E-HPC menyediakan versi multi-node yang dipercepat GPU-nya.
OpenMPI 3.0.0
Semtex
8.2
Sebuah solver CFD. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya.
OpenMPI 1.10.7
TensorFlow
1.7.0-cp27-pypi
Sebuah pustaka perangkat lunak sumber terbuka untuk komputasi numerik menggunakan grafik aliran data.
Tidak ada
TensorFlow-GPU
1.7.0-cp27-pypi
Sebuah pustaka perangkat lunak sumber terbuka untuk komputasi numerik menggunakan grafik aliran data. E-HPC menyediakan versi yang dipercepat GPU-nya.
Tidak ada
VMD
1.9.3
Sebuah program komputer pemodelan dan visualisasi molekuler.
Tidak ada
WRF-MPICH
3.8.1
Sebuah sistem prediksi cuaca numerik yang dirancang untuk melayani kebutuhan penelitian atmosfer dan prakiraan operasional. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya.
MPICH 3.2
WRF-OpenMPI
3.8.1
Sebuah sistem prediksi cuaca numerik yang dirancang untuk melayani kebutuhan penelitian atmosfer dan prakiraan operasional. E-HPC menyediakan versi paralel multi-node-nya.
OpenMPI 1.10.7
Perangkat Lunak Pengujian Performa
Perangkat Lunak
Versi yang Didukung
Deskripsi
Dependensi yang Diperlukan
LINPACK
2018
Ukuran daya komputasi floating-point.
Intel-MPI 2018
STREAM
2018
Ukuran bandwidth memori.
Tidak ada
Intel-MPI-Benchmarks
2019
Ukuran performa MPI.
Intel-MPI 2018
OSU-Micro-Benchmarks
5.4.4
Ukuran performa MPI.
Intel-MPI 2018
Iperf
2.0.12
Ukuran lebar pita jaringan.
Tidak ada
FIO
3.1
Ukuran performa I/O disk.
Tidak ada
Pustaka Runtime
Pustaka MPI
Pustaka yang dipercepat GPU
Pustaka performa Intel
Intel-MPI
OpenMPI
MPICH
MVAPICH
CUDA-Toolkit
cuDNN
Intel-ICC-RUNTIME
Intel-IFORT-RUNTIME
Intel-MKL
Intel-DAAL
Intel-IPPIntel-TBB