Genel Bakış
5 Şubat 2020'de Çin Ulusal Sağlık Komisyonu, Yeni Koronavirüs Enfeksiyonu Teşhis ve Tedavi Protokolü (Deneme Beşinci ve Sonraki Baskı)'nı yayımladı. Bu protokolde, patojen teşhisi için önerilen tıbbi kanıtların solunum örnekleri veya kan örneklerinde yeni koronavirüs nükleik asit tespiti için gerçek zamanlı floresan RT-PCR testi ve solunum örnekleri veya kan örneklerinde bilinen yeni koronavirüslerle yüksek homoloji gösteren viral gen dizilemesi olduğu vurgulandı.
Tüm genom sekans analiz teknolojisi, örnekten rapora virüs genom dizileme sürecini yönetir. COVID-19 yönetimi gereken yerel hastalık kontrol merkezleri ve gümrük kurumlarına virüs tarama kapasitesi kazandırır. Viral genetik veri taraması, otomatik analiz ve rapor oluşturma imkanı sunar ve deneysel ile dizileme altyapısına sahip laboratuvarlar için araştırma platformu olarak da faaliyet gösterir.
Algoritma ve model optimizasyonu sayesinde, yeni koronavirüs testini 20 örneğin paralel testinde 14,5 saatte yüksek aktarım hızıyla tamamlayabilir. Mevcut test yaklaşımlarındaki yetersiz nükleik asit tespit kapasitesi, PCR yönteminin yüksek yalancı negatif oranı ve dünya genelinde virüs mutasyonu gibi temel sorunların çözümüne yardımcı olur.
Teknolojide Öne Çıkanlar
-
Yerel salgınların ele alınmasını iyileştirmek için hızlı ve doğru test
Tüm genom dizileme yöntemine dayalı olarak, ilgili tespit doğru ve etkili olup virüs mutasyonlarının gözden kaçırılmasını önler. Bu protokol, deneysel kütüphane hazırlama, bilgisayarlama ve veri analizi ile ilgili ileri teknolojileri bir araya getirerek dizileme yöntemlerinin süresini kısaltır ve laboratuvar tedavi aktarım hızını artırır.
-
Çekirdek algoritma optimizasyonu ve COVID-19 gelişiminin kapsamlı izlenmesi
Bu teknoloji, COVID-19 virusu genlerinin karakteristiklerini analiz eder; kamu veri setlerinden elde edilen verilerle algoritma eğitim süreçlerini optimize eder; analiz sürecini hızlandırmak için dağıtık ve paralel algoritmalar tasarlar ve hızlı virüs birleştirme yöntemi geliştirir. Ayrıca, yapay zeka algoritmalarına dayalı evrimsel analiz ve protein yapısı analizi, virüsün evrimsel kökenini, evrim süresini ve üç boyutlu yapısını keşfetmeye yardımcı olur. Bu çözüm, virüs aşısı ve ilaç geliştirme çalışmalarına zemin hazırlar.
-
Modüler tasarım ve basitleştirilmiş işlem ile hızlı dağıtım ve kolay yapılandırma
Bu teknoloji, kütüphane hazırlama cihazı, dizileme cihazı ve bilgisayarlı analiz cihazını kesintisiz bir şekilde bağlayarak örnekten rapora tamamen otomatik süreç sağlar. Hızlı dağıtım yapılabilir ve web tabanlı bir işlem arayüzü sunarak ön saflardaki personelin tek tıkla analiz başlatmasına ve doğrudan nihai raporu görüntülemesine olanak tanır. Eksiksiz sistemin yanı sıra, müşterilerin mevcut deneysel ve dizileme ekipmanlarına da entegre olabilir.
Örnekte Nihai Rapora Genom Dizileme
Tüm genom sekans analiz teknolojisi üç birincil çıktı üretir.
● Homoloji Analizi Raporu: Sekans analizi ve sekans birleştirme ile viral sekanslara homoloji analizi yaparak özelleştirilmiş nihai rapor oluşturur.
● Evrimsel Analiz: Evrimsel ağaç oluşturma, virüs bulaşması veya evriminin akıllı analizi için zaman haritası, enfeksiyon süresinin akıllı analizi.
● Yapı Analizi: Viral protein ikincil yapısı ve üç boyutlu yapısının tahmini.
Hızlı ve Doğru Test
Bu teknoloji, veri analizi süresini 20 örneğin paralel deneyi için 0,5 saate büyük ölçüde azaltır ve tek bir örneği 43,5 dakika içinde test edebilir.
Not: 43,5 dakikalık süre, 30-100 GB test örnek boyutuna ve NextSeq 500'e göre hesaplanmıştır. 20 örneğin paralel deneyi için toplam test süresi 14,5 saattir: 3 saat kütüphane hazırlama; 11 saat gen dizileme; ve 0,5 saat tüm genom sekans analiz teknolojisi ile veri analizi. Tek örnek test süresi, 14,5 saatin 20 örneğe bölünmesiyle 43,5 dakika olarak hesaplanır. Bu test sonucu, örnek boyutuna ve dizileme aktarım hızına bağlı olarak değişkenlik gösterir.
Kamu Araştırma Kurumları için Ücretsiz
COVID-19 ile mücadelede araştırma, analiz ve önleme çalışmalarına destek olmak için ücretsiz hesaplama ve yapay zeka platformları sunan "Program", dünya genelindeki hastalık kontrol merkezlerini ve genom araştırma kurumlarını desteklemeyi amaçlamaktadır. Araştırma projenizin özetini ve açıklamasını wanqing.hwq@alibaba-inc.com adresine iletebilirsiniz. Tüm başvurular teknik fizibilite açısından değerlendirilecek ve uygun adaylara daha fazla detay ve sonraki adımlar için iletişime geçilecektir. Başvuru başarılı olduğunda, başvuruya projeye göre belirli bir miktar kupon verilir ve bu kupon 3 ay boyunca geçerlidir. Kupon, Pazaryeri ürünleri ve üçüncü taraf ürünleri hariç olmak üzere tüm Alibaba Cloud ürünleri için kullanılabilir.
Hemen Başvurunİlgili Kaynaklar
Whitepaper
Alibaba Cloud Teknoloji ile COVID-19'la Mücadeleye Destek Oluyor
Alibaba Cloud'un COVID-19 tehdidiyle mücadeleye destek olan bulut teknolojilerini, programlarını ve girişimlerini öne çıkarıyor.
Whitepaper
COVID-19 İçin Tüm Genom Dizileme Analizi
Virüs mutasyonlarını doğru şekilde tespit etmeye ve genetik analiz süresini kısaltmaya yardımcı olan teknolojileri açıklıyor.
Web Seminer
Alibaba Cloud DAMO Tüm Genom Dizileme Analizi
Bu web semineri, Alibaba Cloud DAMO Academy'nin COVID-19'la mücadelede genom teknolojilerini nasıl kullandığını açıklıyor.
