E-HPC提供了業界主流的科學計算應用、編譯器執行階段程式庫、MPI通訊庫等軟體，本文介紹E-HPC支援的軟體，以及相關軟體的應用情境等。
E-HPC軟體棧
本文列出支援自動部署的軟體，您也可以通過自訂鏡像的方式自行部署其他需要的軟體。
軟體列表
名稱
版本
簡介
需要選中的依賴包
ABySS
2.1.5
基於短序列的基因組雙端組裝工具，多節點並行版本。
Intel-MPI 2018
Anaconda
2018.12-py27
2018.12-py37
Python環境管理工具。
無
BLAST
2.8.1
在生物資訊資料庫中進行相似性比較的分析軟體。
無
DeepChem
2.0.0
面向藥物設計的深度學習Python庫。
無
GAMESS-GPU
2018.2
從頭計算量子化學軟體，GPU加速版本。
CUDA-Toolkit 9.0
GROMACS
5.0.7
分子動力學類比軟體，單機版本。
無
GROMACS-OpenMPI
5.0.7
分子動力學類比軟體，多節點並行版本。
OpenMPI 1.10.7
GROMACS-CPU-AVX512
2018.3
分子動力學類比軟體，多節點並行版，支援AVX512指令集。
Intel-MPI 2018
Intel-MKL 2018
Intel-ICC-RUNTIME 2018
GROMACS-GPU
2018.1
分子動力學類比軟體，多節點GPU加速版本。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
HELYX-OS
2.4.0
流體力學前處理軟體，支援可視化版本。
無
HMMER
3.2.1
基於隱馬爾可夫模型，用於生物序列比對分析的軟體。
無
LAMMPS-CPU-INTELMPI
12Dec18
分子動力學類比軟體，多節點並行版本。
Intel-MPI 2018
LAMMPS-GPU-OpenMPI
12Dec18
分子動力學類比軟體，多節點GPU加速版本。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
Miniconda
py27
py37
精簡版conda環境。
無
MOMAP
1.0.1
預測多分子材料性質的軟體，多節點並行版本。
MPICH2
NAMD-OpenMPI
2.12
分子動力學類比軟體，多節點並行版本。
OpenMPI 1.10.7
NAMD-GPU-MULTICORE
2.12
分子動力學類比軟體，單節點GPU加速版本。
CUDA-Toolkit 9.0
NAMD-GPU
2.12
分子動力學類比軟體，多節點GPU加速版本。
OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
OpenFOAM-OpenMPI
5.0
流體力學類比軟體，多節點並行版本。
OpenMPI 1.10.7
OVITO
2.9.0
用於原子和粒子類比資料的科學可視化和分析軟體。
無
ParaView
4.3.1
二維、三維資料分析和可視化軟體。
無
Relion-OpenMPI
2.0.3
單顆粒冷凍電鏡軟體，多節點並行版本。
OpenMPI 1.10.7
Relion-GPU
2.0.3
單顆粒冷凍電鏡軟體，多節點GPU加速版本。
OpenMPI 3.0.0
Semtex
8.2
流體力學求解器，多節點並行版本。
OpenMPI 1.10.7
TensorFlow
1.7.0-cp27-pypi
基於資料流的開源深度學習架構。
無
TensorFlow-GPU
1.7.0-cp27-pypi
基於資料流的開源深度學習架構，GPU加速版本。
無
VMD
1.9.3
分子動力學類比可視化軟體。
無
WRF-MPICH
3.8.1
用於氣象研究和天氣預測的大氣模型系統，多節點並行版本。
MPICH 3.2
WRF-OpenMPI
3.8.1
用於氣象研究和天氣預測的大氣模型系統，多節點並行版本。
OpenMPI 1.10.7
效能測試軟體
名稱
版本
簡介
需要選中的依賴包
LINPACK
2018
浮點效能評測工具。
Intel-MPI 2018
STREAM
2018
訪存頻寬評測工具。
無
Intel-MPI-Benchmarks
2019
MPI通訊效率評測工具。
Intel-MPI 2018
OSU-Micro-Benchmarks
5.4.4
MPI通訊效率評測工具。
Intel-MPI 2018
Iperf
2.0.12
網路頻寬評測工具。
無
FIO
3.1
磁碟讀寫效率評測工具。
無
執行階段程式庫
MPI通訊庫
GPU加速庫
Intel高效能庫
Intel-MPI
OpenMPI
MPICH
MVAPICH
CUDA-Toolkit
cuDNN
Intel-ICC-RUNTIME
Intel-IFORT-RUNTIME
Intel-MKL
Intel-DAAL
Intel-IPPIntel-TBB