概要

LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) は、古典分子動力学に関するソフトウェアです。LAMMPS は、ソリッドマテリアル (金属や半導体)、ソフトマテリアル (生体高分子やポリマー)、および粗視化モデルシステムやメゾスコピックモデルシステムに使用されます。

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3d Lennard-Jones 融解の例

前提条件

• クラスターの作成時に LAMMPS ソフトウェアパッケージをインストールします。

• ソフトウェアが依存する MPI ライブラリを選択します。

手順

1. モジュール avail を実行して、LAMMPS ソフトウェアがインストールされているかどうかを確認します。

   $ export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/
   $ module avail
   ------------------------------ /opt/ehpcmodulefiles -------------------------------------
   lammps/31Mar17-mpich   lammps/31Mar17-openmpi mpich/3.2.2            openmpi/1.10.7

2. モジュール load を実行して、LAMMPS をロードします。

   $ module load lammps/31Mar17-mpich
   $ module load mpich
   $ which lmp
   /opt/lammps/31Mar17-mpich/lmp

3. 後述するジョブ送信方法の詳細は、サンプルディレクトリにアクセスしてください。

• コマンドラインを使用してジョブを送信

$ srun --mpi=pmi2 -N 2 -n 4 lmp -in in.intel.lj
LAMMPS (31 Mar 2017)
Lattice spacing in x,y,z = 1.6796 1.6796 1.6796
Created orthogonal box = (0 0 0) to (134.368 67.1838 67.1838)
2 by 1 by 2 MPI processor grid
Created 512000 atoms
... ...

• ジョブ形式でジョブを送信

$ cat job.sh # Job content
#!/usr/bin/env bash
mpirun lmp -in ./in.intel.lj
$ sbatch -N 2 -n 4 ./job.sh # Submit job
Submitted batch job 235
$ squeue # View job
JOBID PARTITION     NAME     USER ST       TIME  NODES NODELIST(REASON)
235      comp   job.sh     user  R       0:03      2 s[02-03]

• リソースの割り当て後にジョブを送信

$ salloc -N 2 mpirun -n 4 lmp -in in.intel.lj
salloc: Granted job allocation 236
salloc: Waiting for resource configuration
salloc: Nodes s[02-03] are ready for job
LAMMPS (31 Mar 2017)

• PBS ジョブの送信 (GPU アクセラレーション)

$ cat > lammps_single_node.pbs
#!/bin/sh
#PBS -l ncpus=28,mem=12gb
#PBS -l walltime=00:10:00
#PBS -o lammps_pbs.log
#PBS -j oe
cd /opt/lammps/31Mar17-openmpi/src cd / opt / lammps / 31Mar17-openmpi / src
/opt/openmpi/bin/mpirun -np 28 /opt/lammps/31Mar17-openmpi/bin/lmp_mpi -sf gpu -pk gpu 2 -in ./in.intel.lj -v m 0.1
$ qsub lammps_single_node.pbs