このトピックでは、Elastic High Performance Computing (E-HPC) を使い始めるためのクイックスタート概要について説明します。
このトピックでは、GROMACS がインストールされているクラスターを作成し、それを使用して水分子のシミュレーションを行います。 次のフローチャートは、E-HPC を使用するための手順を示しています。
クラスターは、後でジョブを送信、デバッグ、実行、および結果を確認するための計算リソースを提供します。 たとえば、クラスターを作成するときに、GROMACS をインストールし、スケジューラとして PBS を選択し、ecs.gn5-c4g1.xlarge 計算ノードを選択できます。
クラスターでジョブを送信するときに ID を示すには、事前にユーザーを作成する必要があります。 ユーザーが作成されると、そのユーザーを使用してクラスターを管理し、ジョブを送信できます。
ジョブは E-HPC の基礎です。 ジョブは、シェルスクリプトと実行可能ファイルで構成されます。 ジョブは、指定されたキューとスケジューラによって決定される順序で実行されます。 GROMACS を使用して、クラスター内の水分子の動きをシミュレートできます。
ジョブのパフォーマンスメトリックを監視し、クラスターのパフォーマンス履歴を表示し、パフォーマンスのホットスポットをプロファイルできます。 また、クラスターにリモート接続してジョブの結果を表示することもできます。