Elastic High Performance Computing:ジョブの作成と送信

前提条件

ユーザーが作成されています。詳細については、「ユーザーの作成」をご参照ください。

手順

1. E-HPC コンソール にログオンします。

2. 上部のナビゲーションバーで、リージョンを選択します。

3. [クラスター] ページで、gromacs-test を見つけて、[接続] をクリックします。

4. [接続] パネルで、gromacs-test のユーザー名、パスワード、およびポート番号を指定します。次に、[SSH 経由で接続] をクリックします。

5. サンプルのファイルをダウンロードして解凍します。

   説明

   この例は、水分子のシミュレーションです。指定された温度で特定の空間における水分子の動きを追跡するために使用されます。

   cd /home/gmx.test;
   wget https://public-ehpc-package.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/water_GMX50_bare.tar.gz;
   tar xzvf water_GMX50_bare.tar.gz;
   chown -R gmx.test water-cut1.0_GMX50_bare;
   chgrp -R users water-cut1.0_GMX50_bare

6. E-HPC コンソールの [クラスター] ページで、gromacs-test を見つけて、 をクリックします。

7. [ジョブ] ページで、[ジョブの送信] タブをクリックします。

8. [ジョブの送信] タブで、[ジョブテンプレート] を [pbs demo] に設定します。

9. ジョブを設定し、[ジョブの送信] をクリックします。

   説明

   この例では、gmx.test という名前のユーザーによってジョブが送信されます。このジョブは、8 つの vCPU と 1 つの P100 GPU カードを含む計算ノードである compute000 で実行されます。実際のシナリオに基づいてクラスター構成を変更できます。

   #!/bin/sh
   #PBS -j oe
   #PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4
   #PBS -q workq
   
   export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/   # モジュールコマンドが依存する環境変数。
   module load gromacs-gpu/2018.1
   module load openmpi/3.0.0
   module load cuda-toolkit/9.0
   export OMP_NUM_THREADS=1
   
   cd /home/gmx.test/water-cut1.0_GMX50_bare/0096
   /opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi grompp -f pme.mdp -c conf.gro -p topol.top -o topol_pme.tpr   # ジョブファイルを前処理して、TPR 入力ファイルを生成します。
   
   mpirun -np 4 /opt/gromacs-gpu/2018.1/bin/gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -nsteps 100000 -pin on -s topol_pme.tpr   # この場合、-ntomp は各プロセスに関連付けられた OpenMP スレッドの数を指定し、-nsteps はシミュレーションの反復ステップ数を指定します。

結果

ジョブを作成して送信すると、[ジョブ] ページでジョブを表示できます。

ジョブを見つけて、[アクション] 列の [詳細] をクリックします。[ジョブの詳細] パネルで、ジョブ名、ジョブ ID、開始時刻、ジョブが最後に更新された時刻、ジョブの実行情報など、ジョブの詳細を表示できます。

次のステップ

ジョブのパフォーマンスと結果の表示